公司扣了我休假期间的所有绩效和5天基本工资，

公司扣休假绩效和基本工资不合法。依据《劳动法》，单位不得无故克扣工资，未告知扣款原因及征得同意即扣款，属违法行为。不及时处理可能导致员工权益持续受损，影响劳动关系和谐。
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公司扣工资不合法。处理操作：1.与公司人力或财务沟通，了解扣款原因，要求提供扣款依据；2.若沟通无果，收集证据，如工资条、劳动合同等，向劳动监察大队举报；3.若仍无法解决，准备相关材料，申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
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公司扣工资常见处理方式为沟通协调或法律途径。首先尝试与公司沟通解决，若无果，则可选择向劳动监察大队举报或申请劳动仲裁，根据具体情况选择合适方式。